岗上遗址自发现以来，一直受到各级党委、政府的高度重视和保护。

　　1999年5月-6月，为配合“北留”公路建设工程，山东省文物考古研究所联合滕州市博物馆对岗上遗址进行了第二次小规模的考古发掘，发掘面积60平方米。

　　2013年12月，山东省文物局调整公布了包括岗上遗址在内的省级以上文物保护单位保护范围和建设控制地带。  

　　2018年5月初，山东省文物局下发了《关于岗上遗址考古勘探工作的意见》。2018年11月至2019年7月，为配合岗上遗址保护规划编制，山东省文物考古研究院对遗址进行了全面勘探，确定了遗址以大汶口文化堆积为主，也有部分东周、汉代遗存，基本廓清了岗上遗址的范围及堆积状况，并且发现了大汶口文化晚期城址。

　　2019年10月，岗上遗址被国务院核定公布为第八批全国重点文物保护单位。2020年，岗上遗址入选“考古中国·海岱地区文明化进程研究”重大项目。2021年10月，入选“山东百年百项重要考古发现”。2022年3月，岗上遗址顺利入选“2021年度全国十大考古新发现”。

　　2020年9月至2022年1月，山东省文物考古研究院连续两个年度对遗址进行发掘，合计发掘面积约1100平方米，发现了极为丰富的大汶口文化中晚期遗存，包括1圈夯土城墙和壕沟、31座墓葬、7座房址及大量与房址相关的柱坑或柱洞。

　　南区高等级墓葬随葬品中红彩陶、觚形杯等礼制陶器的发现，以及作为王权或军权象征的玉钺在男性墓葬中的普遍出土，表明了该墓地性质可能为聚落社会中一类权利人群的专属墓地。大型墓葬随葬大量陶器及较多玉器，是目前已知的大汶口文化墓葬中随葬品数量最多的墓葬，大量明器化陶器批量化生产反映出中心性聚落社会发展程度、生产力及制陶业的成熟。木质葬具中的三联棺、头箱、脚箱及边箱等葬具结构均是海岱地区发现的最早和大汶口文化仅见的实例，显示出岗上遗址在鲁南地区的区域中心地位。大墓无椁与鲁北地区中心性聚落焦家遗址棺椁俱全的特征形成鲜明差异，这为不同区域文明进程的对比研究提供了新的内容。

　　北区居址区及墓地的发掘有助于对城内区域聚落演变过程的认识。房址分布错落有致，规模大小相当，是居址区内人群生产、生活状况的真实反映，为认识居址区内部布局、家庭单位规模及组织形式提供了新材料。大汶口文化中期成年男女二人合葬墓的集中、成片发现，在已知的大汶口文化同时期墓地中非常罕见，此类合葬现象值得深入探讨，对于研究大汶口文化家庭组织形式及婚姻制度的演变意义重大。